故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。 动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。
绪方惠美 石田彰 林原惠美 宫村优子 山寺宏一 三石琴乃 坂本真绫 山口由里子 立木文彦 优希比吕 清川元梦 麦人 大塚明夫 泽城美雪 大原沙耶香 伊濑茉莉也 胜杏里 山崎和佳奈 野田顺子 仪武祐子 齐藤佑圭 小野冢贵志 宫崎宽务 手冢弘道 合田慎二郎 手冢弘道 Tezuka Hiromichi 岩崎洋介
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